藏医依据独特的理论体系“三因学说”，即，隆、赤巴、培根“三大因素”和体内饮食精微、血、肉、脂肪、骨、髓、精液“七大物质”以及汗液、尿液、粪便等微观具体“三种秽物”相结合的理论指导进行疾病预防治疗。
在正常的状态下，这三部分之间保持的是一种协调和平衡的关系。这种关系一旦失去平衡，人就会生病。藏医在诊治各种疾病的过程中，强调整体的统一性，强调综合分析、辩证归纳、宏观协调，注重“三因动态”的相对平衡和“七大物质”、“三种秽物”以及各器官之间的功能协调。一句话，保持平衡是藏医藏药的重要法则。
藏医认为产生疾病的原因分内因和外因两种。
内因是隆，赤巴、培根三因素的失调；外因包括气候变化、起居不适、饮食不洁、外伤、前世罪孽、房事过度等。
藏医记载的疾病有404种，其中101种不治自愈，101种可治愈，101种不可治愈，101种治而不愈，但实际临床不拘于此种机械分类，多按隆、赤巴、培根及内、外、妇、儿、五官等分类。
