藏传因明在实践中的应用大致有以下几个方面：
(一)开发智力、培养逻辑思维能力。藏传佛教寺院不是单纯的宗教活动场所，而是仿照印度那烂陀和布嘎摩拉希拉建立的一种综合性大学。规模较大的寺院都开设有十明学科，有严格的学制。“十明”之一的因明是寺院的基础课程之一，入寺的学童首先要学《因明集辩》和《因明七论》，专修因明3～5年，从对日常生活中最简单的事物的辨析开始步步深入，培养分析判断、推理辩论的能力，养成周密思考和准确的、合乎逻辑的表达习惯。
(二)用于佛学的学习。佛学是建立在高深哲理基础上的一门高度抽象的学问。龙树、无著等印度佛学大师的著作绝大多数采用了逻辑论证的表述方法。要读懂这类经典著作，首先必须掌握因明知识，故称因明为“打开佛学宝库的钥匙”。通过读经又可以锻炼和提高使用因明思维规律进行推理分析的技能和技巧。
(三)用于学术研究。藏族历史上有成就的学者，都是用因明这个锐利的思想武器检验前人的学说，找出问题，进行分析研究，提出新的观点，促使各种学说理论不断向前发展。现在有人称“藏传佛教是佛学理论发展的高峰”。这种理论高峰的形成，在很大程度上与掌握因明思辩方法有关。
(四)用于写作、演讲等其他方面。藏族习惯上很讲究语言的逻辑性和表达技巧。写文章，特别是说理性文章多用因明的推理、论证、反驳的形式。一般演讲说话也讲究语言的逻辑性，推敲用辞周延与否、前言后语有无矛盾。巧妙机智的辩论“对歌”相当流行普遍，甚至相互开玩笑也多采用因明的思辩方式，在学术问题的辩论中应用因明的论辩方式就更普遍了。
通过以上诸方面的广泛应用，藏传因明在实践方面积累了丰富的经验，实践经验又使因明学得到了进一步的发展，形成了藏传因明这个独具特色的思维逻辑体系。
